自考毕业生报考研究生分两种情况：专科毕业和本科毕业
自考本科毕业生可报考全国硕士研究生统一招生考试；自考专科毕业生必须工作两年后才可报考研究生，有的学校在此条件的基础上加上必须通过自考本科主干课程的规定，有的学校规定部分专业不招收大专毕业生。考生应提前向拟报考的高等院校研究生招生办公室咨询具体招生情况。
以吉林省自考生为例：每年的11月份为全国硕士研究生统一招生考试报名时间。由于12月份毕业的本科毕业生在第二年才能拿到本科毕业证，故毕业生可在研究生统一招生考试前，到吉林省自考办办理“吉林省高等教育自学考试在读考生成绩单”，以本科在读的同等学力的身份报考研究生，待来年4月研究生录取复审时，再出具正式的本科毕业证，确认考试资格以及是否被录取。