黑龙江有4所大学入选第二轮双一流建设高校，其中就有哈尔滨工程大学，所以哈尔滨工程大学是双一流大学，不过只有1个双一流建设学科。以下是哈尔滨工程大学双一流学科具体名单。
| 序号 | 哈尔滨工程大学双一流学科名单 |
| 1 | 船舶与海洋工程 |
哈工程船舶专业实力非常强，哈尔滨工程大学的传统优势专业，学科实力雄厚，承担和参与了大多数现役的海军各类水面舰船、常规潜艇、核潜艇、水中兵器等武器装备的研制。
继承了“哈工大”的军事作风和优良传统，以“三海一核”（船舶工业、海军装备、海洋开发、核能应用）为特色，是我国以上领域最大的高层次人才培养基地和重要的科学研究基地。
船舶与海洋工程专业现在的就业率和就业质量都很高，局部还出现了供不应求的局面，未来，随着中国经济的发展和海洋战略的推进，船舶与海洋工程专业的前景则会更好。
| 序号 | 学校名称 | 一级学科名称 | 评估结果 |
| 1 | 哈尔滨工程大学 | 船舶与海洋工程 | A+ |
| 2 | 哈尔滨工程大学 | 控制科学与工程 | A- |
| 3 | 哈尔滨工程大学 | 动力工程及工程热物理 | B+ |
| 4 | 哈尔滨工程大学 | 信息与通信工程 | B+ |
| 5 | 哈尔滨工程大学 | 计算机科学与技术 | B+ |
| 6 | 哈尔滨工程大学 | 核科学与技术 | B+ |
| 7 | 哈尔滨工程大学 | 管理科学与工程 | B+ |
| 8 | 哈尔滨工程大学 | 马克思主义理论 | B |
| 9 | 哈尔滨工程大学 | 力学 | B |
| 10 | 哈尔滨工程大学 | 机械工程 | B |
| 11 | 哈尔滨工程大学 | 光学工程 | B |
| 12 | 哈尔滨工程大学 | 材料科学与工程 | B |
| 13 | 哈尔滨工程大学 | 软件工程 | B |
| 14 | 哈尔滨工程大学 | 仪器科学与技术 | B- |
| 15 | 哈尔滨工程大学 | 化学工程与技术 | B- |
| 16 | 哈尔滨工程大学 | 工商管理 | C+ |
| 17 | 哈尔滨工程大学 | 土木工程 | C |
| 18 | 哈尔滨工程大学 | 公共管理 | C |
| 19 | 哈尔滨工程大学 | 社会学 | C- |
| 20 | 哈尔滨工程大学 | 电气工程 | C- |
| 21 | 哈尔滨工程大学 | 电子科学与技术 | C- |
| 22 | 哈尔滨工程大学 | 生物医学工程 | C- |
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